疫情期间怎么去日本？
首先，现在日本全境都是允许外国人进入的，并且日本政府也明确表态不会禁止中国人入境（虽然此前有谣言说会禁止）。所以题主可以放心来日。 然后，问题就变成了如何入境日本。
由于目前世界范围内的疫情仍然没有消散，各个国家都实行了不同程度的边境管制，以防止新冠肺炎疫情的传播。 所以题主最安全也是最合理的入境方式就是--搭乘飞机直接抵达日本。
至于题主担心的签证问题，虽然日本驻华使馆仍处在关闭状态，但是可以委托代理申请签证。只不过需要申请人准备更多的申请材料以便完成签证的申请。具体材料可以咨询代理公司。 (1)本人有效护照原件及复印件，包括封面及所有空白页；（如为旧护照，需同时提供旧护照原件及全部空白页复印件）
(2)本人有效居民身份证或其他有效身份证件原件及复印件；
(3)户口本所有页的复印件；
(4)二寸正面免冠证件照4张（须填照片粘贴表）；
(5)完整的留学申请表（可在官网下载填写并打印）；
(6)最后毕业证书和中英文毕业证明原件及复印件；
(7)成绩单原件及复印件；
(8)日语学习证明材料、日语能力证明书（JLPT或J.TEST，建议考个最低级）；
(9)银行出具的银行存款证明原件；
(10)在留资格认定证明书原件。