日本大学出勤率90多？
1，首先明确一点，日本所有大学的所有专业都设置“必修”和“选修”两个模块的课程（除医学类）。 所谓必修课就是一定必须学满指定学分，否则无法毕业的。而选修课是可以选择修满指定学分的，如果学生不选课，可以参加指定的讲座来修满相应学分（这种模式叫做“非学分制选修”）；部分学校也允许学生自由选择其他学校的课程和自己感兴趣的内容来学习，但是需要提交相应的选课说明材料给学校审核（这种模式我暂时没接触过，是同学申请的学院有，具体怎么操作就不太清楚了）。无论哪种形式，最终的目的都是为了确保学生在规定学制内完成学业并且达到毕业要求。所以题主所说的“某门课缺了6分”显然是不合理的——除非你想申请某所学校的某个专业，然后通过这个专业的老师特别帮你开一门选修课让你能修够学分、满足毕业的要求（虽然日本的大学大多都可以这样操作，但是前提是你要能和专业课老师沟通好并且保证他能为你单独开设这门选修课并担任你的导师）……
2，其次，解释一下什么叫“基本没去上课”。一般来说，日本大学的课堂都有大量的讨论和报告，而且教师会根据这些内容来给同学们打分和进行期末评价的（期末考试成绩通常只占最后总评成绩的40%-60%，平时的课堂表现和作业完成情况会分别占有30%-50%的比例，具体的比例要看各个学校和老师的规定的）。所以如果一个学生的期末考试没有缺考，那么就基本上能够认定该生已经完成了所有的授课内容（因为教师一般都会将考试范围限定在教学大纲的范围之内）。从这个角度来说，所谓的“基本没去上课”其实只是你单方面认为的，实际情况可能并不是这样的。毕竟学生到大学之后，应该学会最基本的学习方式——即使不去上某些课程，也应该有办法自主学习并且能够达到学习的目标。（补充：当然对于大部分中国留学生来说，一下子从高中学的应试教育模式切换到日本的自我学习模式是需要一个适应过程的，这个过程可能会比较痛苦，也容易产生自我怀疑，但是请务必坚持！）
3，分析为什么同样“缺勤率高”的同学没有你被退学，而你却被警告？ 我不知道楼主在日本留学是不是以升学为目的的，如果是的话，那么有以下几种可能性——
①你是外国人留学生，而和你同年级的学生都是日本人，你的出勤率被导师拿来作为要挟你的把柄。由于留学生签证的问题，导致很多留学生被导师欺负却无处诉苦或者反抗（换导师不是件容易的事情）。如果你是这种情况，请你向你的顾问老师或者辅导员反映情况，通过他们的手来解决这个问题。
②你的出勤率确实很高，高到离谱，以致于引起了教务人员的注意，从而对你进行了警告。如果你执意继续留在这里，他们也没有更好的办法，只能这样提醒一下——当然，这种情况应该比较少见。
③你的出勤率和毕业状况确实达到了学校的开除标准，只是因为你递交了入学资格证明，所以学校不好直接处理你，因此先给你个警告（类似国内的警告处分，一般过两年就消掉了）；等你毕业了再追回处分，一切为时已晚。
总之，不管是上述哪种原因，关键还是在于你有足够的证据证明自己确实已经达到了学校规定的毕业条件，这是最重要的。